回到顶部

分子动力学模拟GROMACS初级培训班 通知

2019年3月29日 9:00 ~ 2019年3月31日 17:00

收起

活动票种
    付费活动,请选择票种
    展开活动详情

    活动内容收起

    GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。将于2019年3月29日~31日(共3天)在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加!

    本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

    所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统,每个计算节点由2颗Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz,内存48GBMem,NVFermiC2050GPGPU,QDRIB网络,曙光ParaStor或Lustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)。

    ►培训地点:可咨询:18310280875   472355722@qq.com

       2019年3月29日~31日          北京应物会议中心海淀区花园路6号(近元大都遗址公园)


    ►培训课程:

    ________________________________________

    第一天

    8:30--9:00

    学员报道,领取资料。

    9:00--11:30

    分子模拟简介:分子模拟方法的选择;

    分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

    13:30--17:00

    生物分子三维结构展示软件学习(Discovery Studio Visualizer)

    GROMACS的编译/Linux基础/作业提交

    GROMACS文件类型、参数设置、top文件详解、模拟流程、分析工具

    GROMACS实例演示(纯水体系)

    ________________________________________

    第二天

    8:30--11:30GROMACS上机实践1

    溶剂体系

    完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的参数设置和模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。

    学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置,以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

    13:30--17:00 GROMACS上机实践2

    蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

    完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析,同时尝试对氨基酸进行突变或修饰,并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

    学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置以及力场文件的修改,掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

    ________________________________________

    第三天

    8:30--11:30GROMACS上机实践3

    膜蛋白体系和双相体系

    完成膜蛋白体系(蛋白嵌入磷脂双分子层)和双相体系(甲醇/水、环己烷/水,核酸/环己烷/水)的设置和模拟。

    学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系和、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,学习力场参数文件的获取和手动编辑。

    13:30--17:00GROMACS上机实践4

    粗粒化分子动力学模拟

    利用Martini力场完成环糊精和膜蛋白的粗粒化参数设置和模拟,比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

    答疑解惑,互相讨论。

    ________________________________________

    ►主讲人介绍:

    张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。

    ►培训班费用:

    (包含教材费,培训费,不含差旅费、午餐费)

    同一单位2人或以上参加,可享受优惠

    人员    一人参加    两人参加

    老师    2600         2300

    学生    2300         2000

    备注:

    (1)午餐可安排酒店自助餐,每天100元,算做培训费一同开发票。

    (2)可以预订应物会议中心的住房,有单人大床房或者双人标间,价格都是350/天,住宿费用需学员自行向会议中心结算。




    举报活动

    活动标签

    最近参与

    • PhunX
      收藏

      (5年前)

    您还可能感兴趣

    您有任何问题,在这里提问!

    为营造良好网络环境,评价信息将在审核通过后显示,请规范用语。

    全部讨论

    还木有人评论,赶快抢个沙发!

    活动主办方更多

    中科图云

    中科图云

    北京中科图云科技有限公司专注于人工智能/云计算/大数据/高性能方向的技术培训。致力于通过对行业前沿技术的持续创新解读,为相关方向的研究机构和行业用户,提供从训练到推理的一站式人工智能云计算应用服务解决方案/教学实训平台

    微信扫一扫

    分享此活动到朋友圈

    活动日历   03月
    26 27 28 29 1 2 3
    4 5 6 7 8 9 10
    11 12 13 14 15 16 17
    18 19 20 21 22 23 24
    25 26 27 28 29 30 31

    免费发布